学校校本部设有17个本科专业，其中临床医学、麻醉学、医学影像学、预防医学、药学专业为国家特色专业；基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、麻醉学、医学影像学、临床药学、药学、护理学、公共事业管理、生物信息学、医学检验技术（大庆校区）专业入选国家一流本科专业建设点。长学制专业为临床医学(“5+3”一体化，于维汉班)、临床医学(“5+3”一体化）、临床医学(“5+3”一体化，儿科学硕士)、基础医学（伍连德）、基础医学(“5+2”本硕连续培养)；五年制专业为生物信息学、临床医学、麻醉学、医学影像学、儿科学、口腔医学、眼视光医学、精神医学、预防医学、临床药学；四年制专业为生物医学工程、智能医学工程、药学、护理学、法学、公共事业管理。