学校现有11个一级学科博士点和2个博士专业学位授权点，以及26个一级学科硕士点和17个硕士专业学位授权点，全面支撑了福建农林大学本科专业的发展，为本科生进一步提高学术水平搭建了优质平台。学校具备推免资格的学生既可申请保送本校研究生，符合外校条件的也可申请保送至其他学校，部分学生推免保送至清华大学、中国科学院大学、复旦大学等名校继续深造。特别优秀的本科毕业生可通过申请推荐免试攻读硕士研究生，硕士生可通过“申请—考核”制攻读博士学位。