学校每个专业都有保送推免研究生资格，保研比例为7%左右，学校整体保研率达到10%以上，2023届本科毕业生升学2001人，升学率为34.23%；从毕业生升学去向来看，东北农业大学毕业生国内深造的主要去向是国家重点高校和重点科研院所，被国家“双一流”高校、国家重点科研院所录取占79.48%；升学本科生男女生比例为1:1.37。国内升学本科生中，免试推荐学生占升学学生总数34.59%，通过全国硕士研究生入学考试升学学生占65.41%。