学校校本部设有17个本科专业，其中为临床医学(“5+3”一体化，于维汉班)、基础医学（伍连德）为本硕博连读专业；临床医学(“5+3”一体化）、临床医学(“5+3”一体化，儿科学硕士)、基础医学(“5+2”本硕连续培养)为本硕连读专业。